清吴淞总兵李成栋闻讯率五千精兵来攻。李成栋原是明将高杰部将，后投降清军，其人骁勇善战，部属也多为精锐。而侯峒曾等人率领的只是临时组织起来的农民，人数虽众，却没有作战经验，稍一交锋，便被击溃。李成栋又以红衣大炮轰城，很快就攻破嘉定，侯峒曾等人尽数遇害。
李成栋因亲弟死于攻城之中，野蛮报复，下令屠城。清军“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必用长枪乱搅”，连一草一木也不放过。亲历者朱子素有《嘉定屠城略》记录其事：“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼藉。”
大屠杀持续了整整一天，有三万多人遇害。之后，这支拖着大辫子的汉人军队，带着抢掠的约三百船财物，志得意满地离开了嘉定。
嘉定的劫难还没有结束。李成栋撤退后，幸存者开始陆续回到城中。诸人见到如此惨状，愈加仇恨清廷，遂在一名名叫朱瑛的义士领导下，重新集结了两千多人，杀死了清廷委派的官吏。新县令浦嶂侥幸逃脱后，奔去向李成栋求助，又引清兵杀回嘉定，见人就杀，再放火焚尸，嘉定又惨遭“二屠”。
二十天后，南明将军吴之番率部攻入嘉定，击溃了城中的清兵。不久，李成栋整军反扑，第三次破城，不仅将吴之番及其部属砍杀殆尽，还顺带屠杀了刚入嘉定避乱的两万民众。嘉定再度血流成河，是为历史上著名的“嘉定三屠”。
尽管江阴、嘉定等地的抗清均以惨败而告终，但这一系列的自发抗清运动多少牵制了清军的进军，从而给南明其他抵抗力量的组建赢得了时间，尽管这也不一定是明朝的转机，但至少人们怀抱了期望。
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第五节 楸枰三局</h2>
“剃头令”在江南激起滚滚洪流后，多尔衮也有所畏惧，急派明降臣洪承畴取代多铎，形式上是汉人统管江南，力图以此来抚慰江南。
洪承畴以招抚江南大学士身份抵达南京时，有人将黄道周所作对联书写在城外清凉山乌龙潭边：“史册流芳，虽未灭奴犹可法；洪恩浩荡，未能报国反成仇。”联中镶嵌了史可法、洪承畴二人的名字，“成仇”即为“承畴”之谐音，可谓巧妙之极。
洪承畴以明重臣身份降清，又指引清军入关，实对满清问鼎中原立有不世之功，汉人均斥其无耻变节，就连洪母及亲弟洪承畯也面责他不忠。乌龙潭的对联，不过是千万羞辱中极微不足道的一条罢了。而这副对联的作者黄道周，后来也死在了洪承畴手上。
将史可法作为“开清第一功”洪承畴的比照，也表明史可法在世人心中的分量，即使在史氏死去数年后，其声望依然不减，在民间有巨大的号召力。顺治五年（1648年），宣城人朱国材称史可法未死，以史可法名义号召民众反清复明，巢县生员祖谦培、无为州生员沈士简等十余人听说后，均“头巾蓝衫”，前往谒见。
清廷闻知后，亦大为紧张，立即派人逮捕了史可法家眷。有明降将是扬州之战前锋，其人佩服史可法忠义，遂主动出面，称是他亲手杀死了史可法，又称如果朝廷因有人冒充史可法反清而逮捕史氏家眷，反而给了冒名顶替者以口实。清廷觉得有理，这才释放了史母等人。后朱国材亦起兵失败，被无情镇压。
以血肉之躯奋起反抗的不独有普通民众，一些士人亦为反清复明而积极奔走，这其中，最有名的当数复社巨子陈子龙。清军进占南京后不久，陈子龙即与好友夏允彝在故乡起事，并联合了夏允彝门生江南副总兵、威虏伯吴志葵。义军进攻苏州时失败，吴志葵不听陈子龙劝阻，将二万水师移营黄浦江，因水道狭隘，船队被迫拉长，导致首尾不能相顾，仅支撑两月，便被清军击败，松江随即陷落。夏允彝赋绝命词，投河自尽。陈子龙因家中尚有祖母，于混乱中逃脱。
之后，陈子龙写下于混乱中逃脱一诗：“行吟坐啸独悲秋，海雾江云引暮愁。不信有天常似醉，最怜无地可埋忧。荒荒葵井多新鬼，寂寂瓜田识故侯。见说五湖供饮马，沧浪何处着渔舟？”英雄末路的落寞，忧国伤时的悲伤，表现得淋漓尽致。
但陈子龙仍然是江南一带抵抗力量中最有名的人物，不但清军出动大批人力追捕他，就连远在东南的隆武政权、鲁王监国亦闻其大名，隆武授陈子龙兵部左侍郎、左都御史，鲁王则授陈子龙兵部尚书，节制七省漕务。
陈子龙祖母去世后，他再度冒险返回故乡，重新投入复兴明朝的大业中。彼时清松江提督为吴胜兆，其人为辽东人，与清江宁巡抚[19] 土国宝及总督军务招抚江南经略使洪承畴均有矛盾。吴胜兆幕僚戴之俊与陈子龙是旧识，受陈子龙激发，暗中策动吴胜兆反正。事情进展得很顺利，吴胜兆同意反清复明，在松江发动起义，鲁王监国也准备派水师北伐，以策应松江。
清松江同知杨之易是著名东林党人杨涟之子，本预闻其事，但在事发前两天，忽然派人到南京向洪承畴告密。洪承畴立杀吴胜兆家眷，吴胜兆得知消息后，也杀死了杨之易等松江官员。然由于洪承畴已做好了应变准备，吴胜兆很快失败，谋事者均被逮捕处死。
洪承畴知道江南民心不服，“谋乘此尽除三吴知名之士”，大肆牵连，陈子龙更是首当其冲，清江宁将军巴山、操江都御史陈锦亲自带兵追捕。陈子龙辗转逃亡，终于于昆山被捕。清兵将他押到巴山、陈锦面前，陈子龙此时还留着长发，陈锦问道：“何不剃发？”陈子龙道：“吾唯留此发，以见先帝于地下也。”
清兵随即将陈子龙押送南京。途经松江跨塘桥时，陈子龙乘守者不备，纵身投河，清兵将其捞起时，其人已经自溺身死。清兵遂割下了陈子龙首级，再抛尸河中。次日，陈子龙门生王沄、轿夫吴酉等在毛竹港找到陈氏遗体，具棺安葬于陈氏坟地。
陈子龙曾与名妓柳如是相恋，二人相爱及分手，柳如是又嫁东林党魁钱谦益之故事，是彼时天下最热门的话题。当陈子龙举兵反清时，钱谦益已不顾柳如是阻拦，坚持投降了满清。时人有诗云：“钱公出处好胸襟，山斗才名天下闻。国破从新朝北阙，官高依旧老东林。”钱泳《履园丛话》评论道：“虞山钱受翁，才名满天下，而所欠唯一死，遂至骂名千载。”
历史习惯用道德尺度来丈量，似乎钱谦益必须自尽殉难才是利国利民。死亡只是有过的不再存在，人死其实十分简单，复杂的是为什么而死。对钱谦益而言，“死天下事易，成天下事难”，他亦用行动证明了这一点。
顺治四年（1647年），义士黄毓祺组织船只千艘，起兵舟山海上，谋复常州。钱谦益、柳如是冒着生命危险，至海上犒师。适逢飓风大作，战船大多被摧毁，黄毓祺亦险些溺死，事遂不成。钱谦益有《后秋兴》记录此事道：“闺阁心悬海字旗，每于方寻系欢悲。乍闻南国车攻日，正是西窗对局时。”
不久，黄毓祺被清军搜获，死于南京狱中。清廷查知钱谦益与黄毓祺有联系，下令逮捕他。正在病中的柳如是“蹶然而起，冒死从行”，跟随丈夫来到南京。此女自十余岁成名起，便令天下男子折服，拜倒于其石榴裙下的风流名士不计其数，此时已嫁为人妇，气度、手腕依然不容小觑。柳如是全力奔走后，耄耋之年的钱谦益从大狱中昂然走了出来，还得以全身而退。
黄毓祺案后，钱谦益在苏州拙政园居住了一段时间，随即返回家乡常熟，表面在黄毓祺绛云楼以藏书检校著述，暗中仍与西南和东南海上反清复明势力联络。
顺治六年（1649年），钱谦益写信给门生永历朝留守桂林大学士瞿式耜，称中原根本在江南，中兴基业之关键，是顺江而下，夺取江南。江南历为财赋重区，人才荟萃，若能先行收复江南，根本已固，财赋渐充，则可取得扭转战局的先机。为此，钱谦益静心策划了一个号称“楸枰三局”的行动计划——
此计划的核心，是联络西南永历、东南鲁王监国军队以及福建郑成功三方，共同出兵，以主力会师于长江，一举收复江南。
这本是一个相当高远的战略计划，瞿式耜曾当面向永历皇帝称赞钱谦益道：“盖谦益身在虏中，未尝须臾不念本朝，规划形势，了如指掌，绰有成算。”
结果却完全令人失望。除了明将定西侯张名振统率的鲁王监国军队乘海舟三次进入长江，第一次进抵镇江、瓜洲，第二次进至仪征，第三次直逼南京外，西南及福建的抗清主力均未出动，西南永历政权两位实权人物孙可望与李定国忽起内讧，几酿成大变。而福建郑成功本是大海盗之子，虽与钱谦益有师生之谊，却私心极重，只想守住自己的地盘，保存实力。他甚至失约于西宁王李定国，致使李定国孤军奋战，被清兵击败。
至顺治十五年（1658年），羽翼已成的郑成功终于同意钱谦益的请求，统率水陆军十七万，与浙东张煌言会师，大举北伐。然天公不作美，水师进入长江前，于羊山海域遭遇飓风，损失惨重，郑成功不得不暂时退回厦门。
次年，郑成功再次率军北伐，会师张煌言部后，顺利进入长江。一路上清兵不堪一击，望风瓦解。在内地反清志士的引导和帮助下，郑成功军很快攻破瓜洲，并攻克了长江的重要门户镇江及其所属诸县。
六月二十六日，郑成功部前锋已至南京。七月十二日，郑成功亲自率领十余万大军，连营八十三处，将南京团团围困。一时间，战舰蔽江，声势惊人。
消息传到北京，顺治皇帝吓得六神无主，打算退位逃回关外，色厉内荏的本性暴露无遗。被母亲孝庄太后指着鼻子一番痛骂后，歇斯底里的顺治皇帝一怒之下拔剑砍碎御座，下令要御驾亲征。孝庄太后急忙派众大臣谏阻，顺治皇帝这才没有再闹。
十分可惜的是，郑成功围住南京后，自以为破城只在旦夕，没有积极进取，而是释戈开宴，纵情娱乐，致使战机延误，战事拖延了一月之久。
而困守南京的清两江总督[20] 郎廷佐一面假意向郑成功表示要投降，暗中却积极备战。七月二十三日，郑军将士上下张乐歌舞，饮酒卸甲，为郑成功庆祝生日。郎廷佐趁机派军出击，大败郑军。郑军溃退，郑成功立脚不稳，仓促退出长江，返回厦门。
至此，南明败局已定。密切关注时局的钱谦益又忆及当年“楸枰三局”，有诗道：“腐儒未谙楸枰谱，三局深惭厪帝思。”流露出无尽的怅惘和遗憾[21] 。
郑成功败出江南后，江南士民再一次受到满清的荼毒。清廷出动人马，在扬州、镇江、苏州、绍兴等地大肆逮捕曾经拥护和支持郑成功的人，数千人受到了牵连。这就是清初历史上十分有名的“通海案”。
被逮捕的江南士绅，情节严重的被斩首，如清苏松常镇提督马进宝曾多次与郑成功私通信息，被处死。又如浙江慈溪儒士魏耕在郑成功退出江南、张煌言孤军无援而陷入仓皇失措时，亲到张煌言军中劝其再接再厉、不要气馁，也被清廷杀害；情节轻的，也被发配宁古塔为流人。如前面提及的祁彪佳、商景兰次子祁班孙即受通海案牵连而远放宁古塔[22] ，长子祁理孙不久亦因此事郁郁而亡。
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第六节 南北之争</h2>
“南北之争”源自明朝。明朝末年，南方籍大臣和北方籍大臣党争十分严重，南方派系以江浙大臣为核心，北方派系则以山东籍高官为首。因南人多文采出众者，故崇祯一朝中南人占了上风。到清朝顺治年间，局面则完全反转了过来，以冯铨和刘正宗二人为例：
冯铨是顺天涿州人，刘正宗是山东安丘人，均是北方派系，曾备受南方大臣打压。明崇祯皇帝定逆案时，冯铨因曾依附谄事魏忠贤，被定为“魏忠贤党”，罪列第二，终崇祯一朝，未能得志。
“百代兴亡朝复暮，江风吹倒前朝树”。入清后，冯铨、刘正宗二人均凭手段当上了清廷的高官。冯铨善于揣摩执政者心意，摄政王多尔衮对其十分满意，令其入内院协理机务。刘正宗善写五言古诗，又写得一手好字，其书法号称“秀妙无伦”，因文章、诗词、歌赋出众，成为顺治皇帝的文墨挚友。顺治皇帝每得著名书画，必经刘正宗鉴别评定后才归御府收藏。顺治皇帝还常常将所得名人字画和自己作的字画及亲笔题字赐给刘正宗，御府图书题跋也多出自其手。
江山换了主人，大臣却还有不少是前朝旧臣，“南北各亲其亲，各友其友”，冯铨和刘正宗成为北方派系大臣的首脑人物，南北之争依旧在延续。不过清初的党争比明朝更要复杂，清廷不居中调和，反而借势利用，将其当作打压江南士人的工具。
冯铨及其党羽山东淄川人氏孙之獬是北京城最早剃发迎降的明臣，素为众人所不耻。以陈名夏[23] 、龚鼎孳[24] 为首的南方官员弹劾冯铨是前朝阉党余孽，曾在天启年间依附大宦官魏忠贤，这才得以爬到大学士之位。冯铨则反唇相讥，揭发龚鼎孳曾经投降过闯王李自成，“竟为北城御史”。
彼时摄政王多尔衮掌管朝政大权，当面问起龚鼎孳投降李自成一事是真是假，龚鼎孳竟然回答道：“岂止我龚鼎孳一人，何人不曾归顺？魏征亦曾归顺唐太宗。”气得多尔衮大骂说：“龚鼎孳自比魏征，而以李贼比唐太宗，可谓无耻！”
当时汉人高官如洪承畴等均是南方人，冯铨一度处在下风，但多尔衮权衡利弊后，公开支持了冯铨一派，不过也未贬斥南方籍大臣，表面上对南北两方的争斗采取了不偏不倚的态度，实则是支持冯铨。之所以如此，盖因满清以异族入主中原，对汉人士族十分警惕。多尔衮执政期间，一向对汉人大臣采取猜疑、压制的态度。南北党争中，南方大臣陈名夏、龚鼎孳均是声名远播的才子，而冯铨则名声很坏，多尔衮公然予以庇护，就是因为冯铨是最早剃发留辫的汉人大臣之一，远比陈名夏、龚鼎孳对满清更为忠心耿耿。
顺治七年（1650年），多尔衮死，清廷政治气候陡变。顺治皇帝亲政，立即一改多尔衮的政策，对笼络依靠汉人大臣表现出异乎寻常的热情。
顺治皇帝是满清入关后第一位统治中原的皇帝，他幼年即位，受到母亲孝庄太后的严格管教，而朝政大权长期为其叔摄政王多尔衮把持。顺治皇帝成了摆设不说，还不得不有意纵情于嬉戏游乐，以为韬晦之计，避免受到多尔衮的猜忌。在这样险恶政治环境下长大的顺治皇帝，心理极为扭曲压抑。多尔衮病死后，他终于取得了大权，立即表现出暴躁刻薄的性格，开始恣意妄为，完全凭自己的意志决定许多事情，全然不为大臣的意见所左右。
顺治九年（1652年）四月，顺治皇帝在一道谕旨中宣布，为防止诸王大臣因循怠玩，允许满汉官吏互相参劾对方的玩误之处。
次年六月二十七日，顺治又提出，内三院为机密重地，事务殷繁，应选举贤能之人任职，并特别指明每院应设汉官大学士二员。到顺治十一年（1654年），十七名大学士中只有两名满人，其余都是汉人大臣，直接参与了制定政策、发布政令等国家大事的处理。
顺治皇帝还突破了汉人大臣不得掌印的陈规。顺治十二年（1655年）八月，都察院署承政事固山额真卓罗奉命出征，顺治皇帝即命汉承政龚鼎孽掌管部院印信。之前，部院印务向来由满人大臣掌管，正官公出时，则由次官代理，从未有汉人掌管印信，以致龚鼎孽接到任命后吓得不轻，战战兢兢地上疏恳求撤去这一任命。但顺治皇帝未予接受，坚持要龚鼎孽接管印信。
表面上看起来，自顺治皇帝掌权，汉官的地位显著提高了，但起初不过是少年皇帝刻意要表现得与他所痛恨的多尔衮不同，之后则是为了统治的需要。在年轻皇帝的骨子里，对汉人大臣的戒备和警惕并未比多尔衮减轻多少。顺治登上皇帝之位并不是必然，而是多方政治势力复杂斗争和相互妥协的结果。他幼年即位后，都是其叔多尔衮在殿堂上发号施令。其母孝庄太后有男人的雄才大略，为了避免儿子受到多尔衮猜忌，多次教育顺治皇帝要韬光养晦，这样环境下长大的皇帝，心理压抑，脾气暴躁，性好猜忌，后来一旦掌权，则任性得一发不可收。他喜欢汉人服饰，喜欢汉人文学，也大力提拔汉人文士，但这并不代表他就此信任汉人。
然汉人大臣自以为得到皇帝宠幸，看不透此节。南方籍大臣陈名夏设法勾结部分满人贵族，专权至令朝野侧目。由于陈名夏、龚鼎孽等人在朝中得势，冯铨、刘正宗等北方派系大臣自然没有好日子过了，尤其是冯铨，基本上是在南方大臣的不断参劾中度日，弹劾冯铨竟然成了南北党争的中心内容。北方派系大臣对此极不甘心，时刻想予以反击。而靠谄媚侍奉当权者起家的冯铨，在政治风向上的把握，其实要远远强于风头正劲的陈名夏等人。
顺治十一年（1654年），刘正宗突然发难，弹劾南方派系首脑人物陈名夏，起源便是一套明朝的衣冠——
顺治皇帝喜欢汉式服装，经常在宫中穿戴明朝皇冠、皇袍，并对镜沾沾自喜，认为比满服强多了。当年二月，顺治皇帝一时兴起，将明朝朝服公然从内廷拿到内院，向群臣展示。有大臣为了迎合皇帝，连声说好，顺治皇帝也是一脸笑容，看上去很是满意。
陈名夏一时感慨，对内翰林国史院大学士宁完我道：“只须留头发、复衣冠，天下即太平矣！”
宁完我在努尔哈赤时便已经归降满清，闻言立即勾结陈名夏政敌北方系大臣，与刘正宗同时发难，参劾陈名夏“结党怀奸，情事叵测”，主要罪状有“倡复冠服，涂改诏旨，结党行私，循情纳贿，纵子肆虐”等。其中最核心的是陈名夏把“留头发，复衣冠”作为“第一要紧事”，声言是“天下太平”的关键，是以宽衣博带为名，行变清朝为明朝、“计弱我国”之实。
彼时正值南明张名振率水师活动于长江下游和入海口，甚至一度进逼南京，江南局势十分紧张。宁完我、刘正宗如此一番弹劾，陈名夏立时便有了反清复明的重大嫌疑。顺治皇帝十分重视，命令内三院、九卿、科道、詹事等官在午门外会同对陈名夏逐条审问，从重定罪。陈名夏在受审中据理反驳，刑部右给事中刘余谟、御史陈秉彝在旁为之竭力辩护，双方争执不下。
在午门楼上暗中观察的顺治皇帝见此情景大为恼火，立即召见刘余谟、陈秉彝二人，大加训斥，并立即解职。最终，陈名夏被定罪，以弓弦绞杀于午门内的灵官寺，终年五十四岁。时人因而感慨说：“溧阳千磨百铄而不死，死之以弓弦。”
陈名夏被杀的引子是顺治皇帝喜欢明朝衣冠，被杀的原因是南方大臣党争失败，这不过是表面现象——
当时，南方战火纷纷，南明李定国正攻打广东，张名振活动于长江水域，沿海一带的郑成功也蠢蠢欲动，几方打算联合起来抗清作战，此即为前面提及的钱谦益所策划的“楸枰三局”。
在这样的局势下，陈名夏看到顺治皇帝喜欢明朝衣冠后，随口说了句“留头发，复衣冠，天下即太平”，便立即勾起了顺治皇帝深藏于心的警觉，杀机大现。实际上，陈名夏之死是顺治皇帝猜疑汉人大臣的一次公然展露。而在汉人大臣中，因南方陷落较晚，尤其是满清在江南遭到了激烈的抵抗，一手炮制了“扬州十日”“嘉定三屠”等诸多惨剧，深遭江南士民怀恨，因而较之北方大臣，满清朝廷对南方大臣更不放心。这就是为什么在清初多次南北党争中，北方派屹立不倒、南方派多遭惨败的根源。
搞垮陈名夏后，冯铨、刘正宗等北方大臣为了进一步铲除异己，纷纷出动，以陈名夏“亲戚”“党羽”的罪名弹劾了四十一名南方籍大臣，进一步火上浇油。一时间，南方大臣感觉大祸临头，人心惶惶。顺治皇帝为了稳定局势，不得不亲自出面警告冯铨，冯铨这才不敢再兴风作浪，这场大风波由此平息。
在此之前，顺治皇帝一再向天下人表白自己是以宽治政，还常常叹息昔日明太祖朱元璋诛戮大臣太为过分，但自陈名夏案发生后，他又得出了为政太宽“亦不可”的结论，并于五月以“任意结党营私”的罪名，将陈名夏的好友陈之遴[25] 发往盛京。不过顺治皇帝爱其才华，不久即复职。
陈名夏之死只是一个序幕，清廷从未对江南真正放心过，随后又有江南丁酉科场案，牵连了一大批江南名士。
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第七节 江南丁酉科场案</h2>
江南人杰地灵，素来为人文荟萃之地，才子名士层出不穷。明末清初之际，如号称“江左三大家”的钱谦益（号牧斋，娶秦淮名妓柳如是）、龚鼎孳（娶秦淮名妓顾眉）、吴伟业（号梅村，与秦淮名妓卞玉京有一段旷世情缘），复社公子侯方域（字朝宗，娶秦淮名妓李香君）、冒襄（字辟疆，娶秦淮名妓董小宛）、方以智、陈贞慧等，无一不是声动天下的名士。吴门诗人吴兆骞就出生在这样一个文风炽盛的地方。
吴兆骞，字汉槎，号季子，江苏吴江（今江苏吴江）人。少有俊才，成名很早，九岁时就写出了数千字的《胆赋》，十岁时写出《京都赋》，声震文坛。
才气纵横，又才名远播，养成了吴兆骞高傲狂放、愤世嫉俗的性情。他小时候在私塾读书，经常将同学的小帽子拿来当溺器小便。当先生责问时，他竟然回答说：“与其放在俗人头上，还不如拿来盛小便。”先生由此叹息道：“此子将来必以名大惹祸。”
吴兆骞却毫不以为然，非常自负地告诉好友汪钝道：“江东无我，卿当独秀。”非凡的自信和狂傲一览无遗。正因为他自少年时期起，便“为人简傲自负，不拘理法，不谐与俗”，因此乡里有不少人对他又嫉又恨。
吴兆骞曾随父亲宦游楚地四年，后因张献忠农民军起义烽火所及，奉母回到故乡。明朝灭亡后，吴兆骞遂归隐乡里，与江南士大夫互相唱和。大名士吴伟业对少年吴兆骞非常赏识，二人曾一同游历。
顺治六年（1649年），吴地成立了“慎交”“同声”二社，二社其实都是复社巨子陈子龙所创建畿社的分支。陈子龙抗清败亡后，畿社社事削弱，分出了“慎交”“同声”二社。吴兆骞与兄长吴兆宽、吴兆宫加入了慎交社。吴氏少年才俊，高谈雄辩，声望甚隆，被推举主持慎交社。当时名满江南的才子尤侗、计东、顾贞观[26] 等，亦加入了慎交社，成为社中重要人物。尤其是吴兆骞与顾贞观情投意合，二人结为生死之交。而后来吴兆骞罹难，顾贞观所表现出来的友情足以惊天地、泣鬼神。
由于各守门户，慎交、同声二社势同水火，积习很深。顺治十年（1653年），吴伟业即将出仕清廷，北赴京师前，他受钱谦益委托，出面调和社事。两社人马应吴伟业召集，在虎丘举行大会。九郡之人才齐聚虎丘广场，盛况空前。尤其是吴兆骞与吴伟业即席唱和，才华逼人，令吴伟业嗟叹不已，以为自己也不能及。一时间，吴下英俊都以结识吴兆骞为荣，时人将他和陈维崧、彭师度并称为“江左三凤”。吴伟业更是对宾客说：“江左三凤凰，阳羡有陈生，云间有彭郎，松林吴兆骞，才若云锦翔。”
虎丘大会后，吴兆骞才名轰动一时，甚至传入了京师，“诸前辈巨公，恨不识吴生也”。可惜命运无常，这位文采风流的江南才子竟然离奇地卷入了丁酉江南科场案，从此被抛进了苦难的深渊。
自隋朝实行“科举取士”以来，科举制度在中国已经施行了一千多年，对中国社会和文化产生了巨大影响，成为封建社会选拔人才的最主要渠道，也成为历代封建王朝维护其统治长治久安的重要基础。
科举经过历代变迁，到明朝时已经形成了完备的考试制度，共分四级：
院试是各地考生参加县府的考试，由省提督学政莅临主持，及格者称生员，俗称秀才。
乡试是省一级的考试，每三年举行一次，逢子、午、卯、酉年举行，称为“大比”。如果赶上皇帝喜庆，也会下诏加开，称为“恩科”。考期一般在秋季八月，所以又称“秋闱”。主考、副主考均由朝廷临时选派。乡试中举，称为乙榜，又称桂榜。取中者称为举人，俗称孝廉，或称登贤书。考得第一名者，称解元。
会试在乡试次年举行，是中央一级的考试，由阁部大臣主持，每逢辰、戌、丑、未年举行，又称“春闱”。取中者为贡士，第一名称“会元”。
殿试则是皇帝亲自主持，分三甲出榜：一甲三名，分别称状元、榜眼、探花，赐进士及第；二甲若干，赐进士出身；三甲若干名，赐同进士出身。二、三甲第一名一般称为“传胪”。殿试只用来定出名次，能参加的贡士通常都能成为进士，不会再有落第的情况，并从此官服加身，荣耀无比。
顺治十四年（1657年）正月二十一日，新年伊始，二十岁的顺治皇帝突然发布了一道谕旨，内容并非军国大事，而是限制八旗子弟参加科举考试。这道谕令刚好在大比之年伊始发布，显然有着特别的意义。
满清以武功定天下，素来崇尚“国语（意为满语）骑射”的国策。凡八旗子弟，上自皇帝，下到八旗幼童，从一出生就要开始进行“国语骑射”的教育和考核，直到花甲之年才得终止。但自清廷入关后，局面开始有所改变，八旗子弟发现一旦科举考中，既可以立即升用，得到优厚的俸禄，又可以免去从军之苦役，于是开始崇尚文学，热衷于科举。顺治皇帝对此十分忧虑，多次强调说：“我朝以武功开国，频命征讨不臣，所至克捷，皆恃骑射，今天下一统，勿以太平而忘武备，尚其益习弓马，务选精良。”但仍然不能阻止八旗子弟崇文怠武，以致顺治皇帝不得不以谕旨来强行限制。此则故事固然是出于满清“以武定国”的传统，却也说明了在金榜题名后风光荣耀和高官厚禄的诱惑下，科考给人带来的诱惑何等之大，就连八旗子弟也不能抗拒。
这道谕旨的背后还透露出一点，那就是科举名额十分有限，满清皇帝希望将这些为数不多的名额留给汉人，以此笼络人心。正因为科举从来就是一座独木桥，参试的人数远远大于被录取的人数，时刻要面对僧多粥少的局面。在中国这样一个政治早熟的国家，科举自存在之日起，就与弄虚作假、营私舞弊联系到了一起。而统治者为了维护形象，选拔出真才实学的人才，也制定各种考场规则，全力采取措施确保考试的公正性和录取的公平性。这样，一方面是花样形式不断翻新的作弊手段；另一方面却是日益严格的考试纪律和严厉残酷的惩戒措施，由此形成中国历史上一道奇异的风景线。
丁酉乡试就是在这样的背景下拉开了序幕。少年天子顺治皇帝由于刚刚顺利册封红粉知己董鄂妃为皇贵妃，心情大好，突然决定有所作为，要对科举加以整饬。丁酉的前一科，顺治十一年（1654年）的甲午，人称“甲午一榜无不以关节得倖，于是阴躁者走北如鹜，各入成均，若倾江南而去之矣”，顺治皇帝有所察觉警惕，因而不但在选派主考官上格外费心，还事先对考官们告诫说：“考官阅卷有弊者，杀无赦！”语气十分严厉。然而，科场积弊由来已久，似乎谁也没有太把年轻皇帝的话当回事。
在各省乡试中，顺天闱[27] 为北方最重，江南闱则为南方最重，二省录取举人的名额也是高居前两位。顺天闱之所以排在第一，不过是“天子脚下”的首善之区，沾了京师和皇帝的光。而江南闱能排在第二，则全靠地域人文荟萃、真枪实弹的本事了。江南多名士，江南闱也素来被认为是国家选拔人才最关紧要的所在，因而所选派的考官，特别慎重。
当年，方猷、钱开宗被选为江南科场主、副考官。顺治皇帝寄予厚望，临行前特意召见，要方、钱二人敬慎秉公，并警告说倘所行不正，绝不轻恕。然科场积弊已深，之前的处罚又轻微有限，加上汉官素来有欺负满人不通翰墨之心，方猷、钱开宗并没有太将顺治皇帝的话放在心上。
到了江南科场南京后，主考官方猷、钱开宗自以为天高皇帝远，早就将顺治皇帝的提醒忘到了九霄云外，大肆徇私舞弊。榜发后，取中者颇多富贵人家子弟。士论大哗，愤愤不平者大有人在。有人写文章怒骂，将主考官骂得不亦乐乎。还有人写诗嘲讽道：“孔方主试合钱神，题目先论富与贫。金陵自古称金穴，白下于今中白丁。”
不过，影响最大的还是南京书肆刚刚刊刻发行的《万金记》一书，万是方猷的“方”字去一点，金字则为钱开宗的“钱”字的一半，“万金”二字即是影射方猷、钱开宗两主考的姓。书中揭露了主考官行贿通贿的情形，历历如绘，只是隐去了当事人姓名。
另外还有一出名叫《钧天乐》的杂剧，也是写科场故事，分上、下两本。上本写文才出众的沈子虚，应试落第，而不学无术的贾斯文等，却因财势而得中式。主考名叫胡图，是“糊涂”的谐音；三鼎甲名叫贾斯文、程不证、魏无知，谐音分别为“假斯文”“真不正”“鬼无知”。剧本中有一首《黄莺儿》词：“命意在题中，轻贫士，重富翁。诗云子曰全无用，切磋欠工，往来要通，其斯之谓方能中，告诸公，方人子贡（孔子弟子，以善于营财著称），原是货殖家风。”淋漓尽致地揭发了主考官纳贿作弊的行为。下本写天界考试真才，沈子虚遂中状元，并得夫妻团圆，表现了作者的幻想。
此剧刚好写成于江南闱发榜后，时人均疑影射科场，每每演出，“观者如堵墙，靡不咋舌骇叹”“吴中好事者传为美谈”。
方猷、钱开宗二人离开江南回京师，路过常州和苏州时，一路有人都随舟唾骂，甚至投掷砖石，吓得二人一路都躲在舱中。来时前呼后拥，无比风光；去时却是藏头缩尾，丝毫不敢抛头露面，可谓对比鲜明。
不巧的是，当年顺天科场亦有重大舞弊事件，被人揭发后，同考官[28] 李振邺等人被处极刑，且株连极广，顺治皇帝正处于盛怒之中。既然江南亦有种种舞弊传闻，朝中以刘正宗为首的北方籍大臣决定充分利用此大好机会，以达到“荼毒南士”的目的。
经过一番周密策划后，顺治十四年（1657年）十一月二十五日，工科给事中阴应节（山西洪洞人）上疏参奏道：“江南主考方猷等弊窦多端，发榜后，士子愤其不公，哭文庙、殴簾官，物议沸腾。”
阴应节还举出了此事中趁机滋弊、冒滥贤书的典型：少詹事方拱乾第五子方章钺因与方猷联宗，而被取为举人。
方章钺出身海内著名世家桐城（今安徽）方氏。方氏号称“江东华胄第一”，门中数代科第仕履繁盛，声名显赫。方章钺本人也是江南有名的才子，以他的文章才华，不中举才是咄咄怪事。但阴应节有意选中方章钺为箭靶弹劾，其实是将目标对准了方章钺的背后——其在朝为官的父亲方拱乾（时任詹事）和兄长方玄成（后因避康熙名玄烨改名方孝标，时任内弘文院侍读学士）、方亨咸（时任监察御史）、方膏茂几人。
方拱乾初名策若，字肃之，号坦庵。少年聪颖，七岁已经“能属诗文”，二十岁时，诗文为世人称许，与同乡姚孙森等五人并称为“六骏”。崇祯元年（1628年）中进士，授官庶常。后以翰林身份任东宫（太子）讲官。明朝灭亡后，方拱乾先是被攻入北京的李自成大顺军俘虏，受到酷刑折磨，后以行贿得免。清军入山海关，李自成弃北京退往山西，方拱乾乘乱南归。顺治十一年（1654年），因两江总督马国柱等人推荐，方拱乾被清廷起用，初为内翰林秘书院侍讲学士，后升詹事府右少詹事，兼内翰林国史院侍读学士。
明末清初，桐城方氏享大名者，莫过于方拱乾父子。方拱乾有六子，依次为玄成（顺治六年进士）、亨咸（顺治四年进士）、育盛（顺治十一年中举）、膏茂（举人出身）、章钺、奕箴。方氏取名有一原则，即所谓的“文头武尾”——第一字以一点一画起笔，第二字以斜钩收尾。其时，方氏父子文名震动天下，长子方玄成更是成为顺治皇帝身边极见宠信的文学侍从之臣，深遭北方大臣忌恨。而方拱乾早前曾在“南太子案”中得罪过北方系首脑人物刘正宗，刘正宗恨之入骨，一直要找机会报复[29] 。
顺治皇帝当时正为顺天科场案而恼火，接到阴应节的奏疏后，霍然震怒，立即召来方玄成询问究竟。
往昔顺治皇帝对方玄成优渥眷顾，都是亲切地称呼其号“楼冈”，从不直呼其名，还经常说“方学士面冷，可作吏部尚书”，此刻却是翻脸无情，声色俱厉。
方玄成如实告诉皇帝说：他们方家出自安徽桐城，已历数世，而江南主考方猷是浙江人，从未同宗，他弟弟方章钺根本不在回避之列。事情显而易见，阴应节是诬奏之词。
顺治皇帝这才颜色稍缓，但又口气严厉地道：“此案既然要从严办理，方章钺亦不能例外。”
方玄成深知伴君如伴虎的道理，何况天子正在气头上，因而除了附和外，别的话再不敢多说。
之后，顺治皇帝派人暗中打听江南闱详情，试图自己弄清楚真相。受派出宫的太监竟找来了《万金记》和《钧天乐》的刊刻本，作为江南科场内有隐情的证据。顺治皇帝看过后，本来还对其中情节半信半疑，但听说《钧天乐》是尤侗所写后，立即转变了态度。
尤侗字展成，号西堂，江苏长洲（今江苏苏州）人。少有神童之誉。后加入吴兆骞主盟的慎交社，遍交江南名士。他的诗写得情真性灵，且在文体上有极大的开拓性和创造性，被吴伟业称为“骚坛盟主”，时人比之为李白。
尤侗有一篇写西厢《临去秋波那一转》的时文，深为顺治皇帝赏识。顺治皇帝曾多次向身边人称赞尤侗，说他是“真才子”“极善作文字”，还将尤侗极富文采的《讨蚤檄》一文展示给翰林院学士们说：“此奇文也。”
在这样的背景下，顺治皇帝完全相信《钧天乐》中所描述的科场弊端情形是事实。他因而下定了决心，一定要严办，一道上谕颁行江南：“据奏南闱情弊多端，物议沸腾，方猷等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。方猷、钱开宗并同考试官，俱着革职，并中试举人方章钺、刑部差员役速拿来京，严行详审。本内所参事情及闱中一切弊窦，着郎廷佐（时任两江总督，两江即江南、江西两省）速行严查明白，将人犯拿解刑部。方拱乾着明白回奏。”
主考官方猷、钱开宗当时已经回到北京，立即被革职下狱，等待调查。同考官李上林、商显仁、叶楚槐、钱文灿等人是来自浙江各县的举人以及进士出身的知县，也同时被革职，导致相关县地的衙门为之一空。
两江总督郎廷佐接到圣旨后自然不敢怠慢，连同漕运总督亢得时，迅速展开了调查。又听说京城同考官李振邺等人已经因为顺天科场舞弊案掉了脑袋，更加惶恐不安，唯恐祸及己身。在这样的前提下，郎廷佐能查到事实真相还好，查不到事实真相势必找出几个替罪羊来。
詹事方拱乾无辜受此牵连，倒也没有惊慌，因为他自己很清楚，阴应节的奏疏不过是凭白诬陷之词，因此明白地声辩道：“臣籍江南，与主考方猷从未同宗，故臣子章钺不在回避之例，有丁亥、己酉、甲午三科齿录可据。”
方拱乾父子作为壮年新进的书生，不仅对党争的残酷性知之不深，对当时的时局也没有清醒的认识——
江南闱案发时，南方尚不稳定，沿海郑成功、张煌言等抗清势力依旧活跃，而江南士子与他们有着盘根错节、千丝万缕的联系。在这样的背景下，无论顺治皇帝之前是何等欣赏方拱乾、方玄成父子的文学才华，只要有更大的利益可图，一时的优遇瞬间就能化作尘土。正因为如此，尽管方拱乾有凭有据作了辩白，但其子方章钺还是立即被刑部逮捕，锁链加身，从江南踏上了前往京师受审的路途。
其实到了这个时候，人们应该已经可以看到，无论江南新进举人是不是真的作弊，部分人的结局必将是悲惨的。江南历来为财赋重区，“江南安，天下皆安；江南危，天下皆危”。尤其是清朝初年，天下甫定，皇帝需要严厉惩治、杀一儆百，一是警告那些敢与抗清势力有关联的江南人士，二是警示、驯服所有的汉族士子。刚好，北方大臣刘正宗发动的新一轮毒害南方士子的党争完全遂了他的心愿。
转眼到了顺治十五年（1658年），先是正月十五日顺治皇帝亲自主持顺天闱中举考生复试，取中一百八十二名，只有八人因文理不通被革去举人。正月二十四日，顺治皇帝最宠爱的董鄂妃所生皇四子病死，出生不足百日，连名字都还没有来得及取。眼见爱妃董鄂妃悲痛欲绝，皇帝的目光一下子变得呆滞了许多。
到了二月，朝廷大员陈之遴等人结交通贿大太监吴良辅（在协助顺治皇帝肃清多尔衮亲党势力的过程中起了重要作用）东窗事发。顺治皇帝鉴于明朝太监擅权亡国教训，曾设立铁牌，宣称太监如有犯法干政、窃权纳贿、嘱托内外衙门、交结满汉官员、越分擅奏处事、上言官吏贤否者，即行凌迟处死，绝不姑贷。陈之遴因此被立即革职，家产籍没，与父母、兄弟、妻子一起被流放盛京，之后死在戍所。
而吴良辅作为此案的核心人物，犯了太监干政的大忌，不但受到顺治皇帝庇护，没有被凌迟处死，还恩宠不衰，继续作威作福，后来更是作为心腹代替顺治皇帝出家为僧。由此可见，南方大臣陈之遴的倒台不过是一场有计划的阴谋，既是北方大臣刘正宗等人从中推波助澜，也有顺治皇帝本人的意愿在其中。陈之遴走了，朝廷再没有人能出面为南方士子说话。
就在这个时候，掌河南道御史上官（崇祯十六年进士，山西翼城人。《清史稿》中记为上官铉，实为误作）奏参江南同考官舒城县知县龚勋出考场后曾被考生羞辱，事情可疑。又上奏说：“江南新榜举人，啧有烦言，应照京闱事例，请皇上钦定试期，亲加覆试。”
顺治皇帝立即批准，打算复试江南举人。但此时参加江南乡试的举子大多已经回乡，于是各府县出动人马，到处拘索，扰攘四方，动静极大，很是费了一番功夫。这些已经金榜题名江南举子，“师生牵连就逮，或就立械，或于数千里外锒铛提锁”，刚刚还志得意满，转瞬天降横祸，“家业化为灰尘，妻子流离”。
这批命运多舛的举子中，就有之前提到的江南才子吴兆骞。他跟方章钺一样，参加了顺治十四年丁酉科江南闱乡试，并顺利中举。本来江南闱发榜后，满城风雨，关于主考官通同作弊的谣言满天飞，一些考生还趁机闹事，但吴兆骞本人自负才高，兼之顺利登榜，也没有太把这些流言当回事。倒是他的好友尤侗愤愤不平，写了一出《钧天乐》的杂剧，影响极大，连远在京城的顺治皇帝都找来《钧天乐》的刊刻本认认真真地读了。后来方章钺被刑部派员役逮往京师，吴兆骞一度忧心忡忡，但那也是出于对朋友的关切，完全没有想到自己也会卷入其中。因而，当如狼似虎的官差来逮捕他时，虽是复试的名义，他却不由得不惶惶然了。
由于顺治皇帝要亲自复试，江南举人都要被押往京师，吴兆骞也在被押送北上之列。此时正是初春季节，草长莺飞，尤其对从未到过北方的吴兆骞来说，是难得的经历。可惜，在刀棍之下，前途未卜，再美的风景也无心欣赏。
途中，吴兆骞写了一首诗：“自许文章堪报主，哪知罗网已摧肝。冤如精卫悲难尽，哀比啼鹃血未干。”语调委屈凄楚，怅恨报主无门。正是因为这首诗，吴兆骞的人格后来受到了怀疑。
江南举子到达京师时，两江总督郎廷佐的调查结果也出来了，一共举报了八名举子“显有情弊”，其中包括方章钺在内，不过并没有吴兆骞。顺治皇帝立即下命逮捕这八人。但有个名叫程度渊（出自著名的安徽徽州歙县槐塘程氏，程氏既是当地望族，也是富甲一方的盐商）的举子在逃，大概是确实有作弊事实，情知不妙，已经抢先逃走。
三月，顺治亲自在瀛台复试江南举人，皇帝亲出的考题就叫《瀛台赋》。瀛台位于西苑中海之中，明朝时称南台，清朝顺治时因其三面临水，如海中仙岛，改称瀛台。此处波光荡漾，垂柳依依，风光迷人。然而，参加复试的举子却一个个失魂落魄、战战兢兢。
也难怪如此，复试的环境极好，复试的氛围却极度压抑。清人李延年在《鹤微录》中描述说：“试官罗列侦视，堂下列武士，锒铛而外，黄铜夹棍，腰市之刀，悉森布焉。”而每名举子身边还各有两名护军监视，持刀相向，如临大敌。这哪里是复试的样子，分明是要兴师问罪，是以与试的举人无不吓得“栗栗危惧”。
瀛台复试结果，武进举人吴鸣珂成绩优异，被取为第一名（解元），准予参加当年的会试；汪溥勋等七十四人通过考试，仍准做举人，但不得参与本科会试；史继佚等二十四名，也算通过考试，准做举人，但“罚停会试两科”，要到六年以后才能再次参加会试；方域等十四人因文理不通被革去举人功名。诗名本已传遍京城的吴兆骞则再次声震京师，这次不是因为他的才华，而是因为他竟然在瀛台复试中交了一张白卷。
关于惊才绝艳的江南名士吴兆骞为何会交白卷，时人说法颇多。有人说吴兆骞恃才傲物，不满清廷所为，不愿意在刀棍威逼下为文，故意如此。还有人说吴兆骞并没有那份傲骨，他其实是真的被吓倒了，所谓“书生胆小当前破”，刀枪环顾下，惊魂不定，“战栗不能握笔”。无论如何，一张白卷，令吴兆骞被认定当初乡试时有请托作弊的嫌疑，迅即“享受”到与方章钺等八名被举报有作弊行为的举子同等待遇，被逮捕下狱，交给刑部审讯。
江南闱科场案的相关案犯，两名主考官方猷、钱开宗自然脱不了干系。尤其是二人在离开京师前，顺治皇帝亲自召见叮嘱，还弄出了这样满城风雨的事，死刑肯定是避免不了的。另外包括方章钺在内的七名举人（程度渊在逃），有两江总督郎廷佐的调查报告，当然也是难逃处罚。
剩下比较难办的是吴兆骞，他被逮捕下狱是因为在瀛台复试时交了白卷，按理该与另外十四名文理不通的考生一样，革去举人功名完事，不必再单独立案审讯。然而他当场交了白卷，大大激怒了更年轻也更气盛的顺治皇帝，要深究之前南京乡试时有没有通弊嫌疑。问题是这位吴兆骞是名满天下的才子，任谁都不会怀疑他会靠作弊中举。最初，人人都以为吴兆骞最多不过被除名，最后还是无罪释放，但偏偏有好事之徒在这个时候踩了他一脚。
之前曾经提及江南有慎交社和同声社门户恩怨之争，主持慎交社的吴兆骞曾与同声社重要成员王长发有隙，王长发见吴兆骞被逮，趁机落井下石，挟嫌诬告。这就是后来吴兆骞父吴晋锡所说的“不意仇人一纸谤书，遂使天下才人，忽罹奇祸，投荒万里，骨肉分离”，以及吴兆骞子吴桭臣所称的“讵知变起萧墙，以风影之谈，横被诬陷，致使家门倾覆，颠沛流离”。当时得宠的北方大臣刘正宗“与慎交水火”，也趁机在其中兴风作浪。不过，尽管有王长发的告状，有刘正宗的暗中支持，刑部审到最后，结论还是“审无情弊”，于是将吴兆骞与之前被告有通弊的七名举人关在一起，打算最后革除功名了事。
顺治十五年（1658年）十一月，距离江南乡试作弊案案发一年后，刑部将审实的结果上报顺治皇帝，奏请将正主考方猷斩首，副主考钱开宗处以绞刑，同考官叶楚槐等人流配尚阳堡，被告八名举人并吴兆骞革去举人功名。
不料顺治皇帝看到结果后大发雷霆，不但下旨将两位主考立即正法，而且将该场乡试所有同考官共十八人（其中卢铸鼎已死）均处绞刑，妻子家产抄没入官。已经死去的同考官卢铸鼎也没有放过，其妻子家产也籍没入官。同时将方章钺、吴兆骞等八人革去举人，责打四十大板后，流徙宁古塔，不但家产俱籍没，父母、兄弟、妻子也令流徙宁古塔。
对于在逃的举人程度渊，顺治皇帝也不能容忍有漏网之鱼，责成两江总督郎廷佐和漕运总督亢得时尽快抓捕程度渊，倘若抓不到，郎廷佐和亢得时二人就有受贿作弊、有意买放的嫌疑，必须受罚。
此谕一下，郎廷佐、亢得时后悔不该报上在逃的程度渊之名，但事已至此，只得出动兵马，全力缉捕了。程度渊后来被抓获，也一样被流放。
顺治皇帝突然一反常态，如此苛刻严厉，这其中自然有深刻的背景——
其时，抗清势力郑成功在厦门大练水军，活动频繁，隐隐有北上之意。而江南不少反清志士闻风而动，大有里应外合之势。这还只是外忧。
其内，红颜知己董鄂妃一病不起，尽管顺治皇帝多方抚慰，承诺一旦董鄂妃再生一子，一定立其为太子，但董鄂妃的病情还是一日一日地沉重。而最令顺治皇帝烦躁的还是宫中四处充满了幸灾乐祸且不怀好意的目光，包括他的母亲孝庄太后在内。
在内外交困的处境下，内心虚弱的顺治皇帝决意大开杀戒，拿江南科考案来立威。不仅相关案犯受到了严厉处罚，刑部尚书图海、白元谦，侍郎吴喇禅、杜立德等人也被顺治皇帝迁怒，被认为审理江南科考案玩忽职守，冠以“谳狱疏忽”的罪名，予以革职或降级的处分。
至此，这桩轰动一时的江南科场案，在涉及南北党争、江南社事之争、满清有意打压江南士子、兼之宫廷内部争斗的复杂背景下，最终以许多人的家破人亡落下了帷幕。
但风波还没有就此结束，南北闱科考案案发后，弹劾考官成为时髦的举动。刑科给事中朱绍凤弹劾河南正副主考黄<img alt="" src="/uploads/allimg/200410/1-200410134222F1.gif" /> 、丁澎用墨笔填改考生笔迹，违反了考场规定。礼部也发现山东同考官袁英等人违犯成例而提出纠举，有举报陕西考官唐赓尧批改试卷时也有违法行为。对这些官员，顺治皇帝只是给予了革职的处理，没有牵连其家属，更足以证明其在江南科场案中大举屠刀，是刻意针对江南士子。
顺治十六年（1659年）闰三月初三，吴兆骞、方章钺以及父亲方拱乾、兄长方玄成等一干人被同时押送起行，由此踏上了前往流放地宁古塔的艰难历程[30] 。
宁古塔比之前顺天科考案犯的流放地尚阳堡更远。尚阳堡（一作上阳堡）在今辽宁开原县东四十里，满语称为台尼堪（“尼堪”是满人对汉人的称谓）。宁古塔在今黑龙江宁安县内，清初其地尚未开化，行人皆视为畏途。罪犯徙居尚阳堡，犹有屋宇可居，至者尚得活命。而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即为虎狼所食，或为野人所吃，得生者甚少。当时，只有谋逆大罪中的相关人犯才流徙宁古塔。可以说，被判流放宁古塔，就相当于被判了死刑。正因为如此，江南士林魁首吴伟业听说吴兆骞被流放宁古塔后，自知再无相见之日，写下了一首堪称绝唱的《悲歌赠吴季子》：
人生千里与万里，黯然销魂别而已；君独何为至于此？山非山兮水非水，生非生兮死非死！十三学经并学史，生在江南长纨绮，词赋翩翩众莫比，白璧青蝇见排诋。一朝束缚去，上书难自理，绝塞千里断行李，送吏泪不止。流人复何倚！彼尚愁不归，我行定已矣！八月龙沙雪花起，橐驼垂腰马没耳，白骨皑皑经战垒。黑河无船渡者几？前忧猛虎后苍兕，土穴偷生若蝼蚁。大鱼如山不见尾，张鬐为风沫为雨，日月倒行入海底，白昼相逢半人鬼。噫嘻乎悲哉！生男聪明慎莫喜，仓颉夜哭良有以，受患只从读书始！君不见，吴季子。
吴季子即吴兆骞。吴伟业为人谨小慎微，一向很少出言过激，但此诗不但对吴兆骞寄予了深切的同情，还饱含悲愤之情，寓意极深——可以说，吴伟业已经看清了清廷大兴科场案的真正用意。
按照顺治皇帝的谕旨，吴兆骞的父母、兄弟、妻子都该受到牵连，被一同流放。但朝中尚有不少人同情吴兆骞的遭遇，设法为他开脱，因而他的父母和两个哥哥都得以留在关内，其妻葛采真也被允许暂缓出关。这也算不幸中的大幸。而方章钺一家数十口人（方章钺出塞时，幼弟方奕箴因年少免于出塞，三哥方育盛与四哥方膏茂是于次年夏始抵宁古塔），均受到牵连，一同被流放。
吴兆骞因“审无情弊”遭此大罪，可谓“前无古人，后无来者”。平白遭此大祸的他心情奇差，这可以从他《出关》一诗中窥出一斑。
边楼回首削嶙峋，筚篥喧喧驿骑尘。敢望余生还故国，独怜多难累衰亲。云阴不散黄龙雪，柳色初开紫塞春。姜女石前频驻马，傍关犹是汉家人。
一行人三月出发，当年七月十一日才抵达极北苦寒之宁古塔。有种说法，此地即为昔日宋徽宗、宋钦宗被囚禁的五国城。这里没有房屋庐舍，当地人都是掘地为屋居住。且天气极为严寒，寒风如刀，一直要到五月，地面才解冻可锄，须立即种下蔬菜，六月、七月便要采食，不然一到白露即枯，到寒露时节，根都要烂腐。
刚到宁古塔之时，吴兆骞身无分文，生活异常艰辛。他经常独坐柴门，用斧子敲击冰块，然后用冰水煮稗子而食。幸好得到狱友方拱乾的关照，“解衣推食，得免饥寒”。吴兆骞由此与方拱乾父子成为患难之交，经常“商榷图史，酬唱诗歌”，“谈诗论史，每至夜分”。这些所谓的流人写下了大量诗歌，成为黑龙江地区最早的诗集之一。
就在吴兆骞、方章钺被押往宁古塔之时，南方时局发生了重大变化。顺治十六年（1659年）六月，郑成功称招讨大元帅，率十七万水路大军在崇明岛登陆，开始北伐。郑军一路势如破竹，接连攻克镇江、瓜洲，接连取得定海关战役、瓜洲战役、镇江战役的胜利，直抵南京城下。另一路人马张煌言部亦收复芜湖一带十数府县，一时江南震动。然胜利在望之时，郑成功中清军缓兵之计，意外遭到清军突袭，致使郑军大败，损兵折将，不得不全军退回厦门。
郑成功败出江南后，江南士民再一次受到满清的荼毒。清廷出动人马，在扬州、镇江、苏州、绍兴等地大肆逮捕曾经拥护和支持郑成功的人，数千人受到了牵连。这就是清初历史上十分有名的“通海案”。被逮捕的江南士绅，情节严重的被斩首，如清苏松常镇提督马进宝曾多次与郑成功私通信息，被处死。又如浙江慈溪儒士魏耕在郑成功退出江南、张煌言孤军无援而陷入仓皇失措时，亲到张煌言军中劝其再接再厉、不要气馁，也被清廷杀害；情节轻的，也被发配宁古塔为流人。
可叹的是，正是这些流人一手创建的“流人文化”代表了清朝的关东文化。宁古塔是满清入关前后黑龙江一带的政治和经济中心，但文化贫乏落后，到顺治十二年（1655年）时，此地汉人稀少，也很少能看到书籍。后来满清大量发配汉人到此为奴，流人们带来了大量书籍和中原文化，一度沉寂而荒凉的宁古塔变得活跃起来。在流人中，文学成就最高的公推为吴兆骞。他的《秋笳集》《归来草堂尺牍》等，在流人文化中占有主要地位。